Potraga za alosterijom kod proteina upotrebom napredne vizualizacije

Crosbi ID735915
Bib IRB ID1270767
Year2023
StatusObjavljeno
Typeprilog sa skupa (u zborniku)
Subtypesažetak izlaganja sa skupa
AuthorsŠtefanić, Zoran ; Gomaz, Boris
Parent journalSrce DEI 2023 Knjiga sažetaka
Pages59, 1
Titles

hr original Potraga za alosterijom kod proteina upotrebom napredne vizualizacije

en In search of allostery in protein using advanced visualization

Abstracts
hr original

Alosterijom nazivamo pojavu da pojedini dijelovi enzima (ili proteina općenito) međusobno komuniciraju na daljinu. Na taj način omogućena je npr. regulacija aktivnosti enzima u njegovu aktivnom mjestu vezanjem molekula na udaljenim mjestima. Iako je fenomen alosterije fundamentalan i gotovo sveprisutan kod enzima, mehanizam njegova ostvarivanja često je još uvijek nedovoljno poznat. U sklopu projekta ALOKOMP (https://alokomp.irb.hr/) alosterija se kod jedne klase oligomernih enzima (purinske nukleozidne fosforilaze, PNP) proučava sinergijom nekoliko metoda: strukturnom karakterizacijom metodama makromolekularne kristalografije (XC), molekulsko dinamičkim simulacijama gibanja proteina (MD) te primjenom naprednih računalnih metoda strojnog učenja za ekstrakciju informacija iz goleme količine podataka koje su generirane u XC-u i MD-u. Ti podaci povezani su u golemu relacijsku bazu podataka. Metodama MD-a generiraju se ogromne količine podataka koje nije lako vizualizirati i tako u njima pronaći moguće alosteričke puteve komunikacije. Jedan od pristupa koji je razvijen u sklopu projekta je prikaz vremenske ovisnosti gibanja proteina u vidu preglednih vremenski promjenljivih panel-dijagrama ovisnosti pojedinih torzijskih kutova (tzv. Avokado-dijagrama). Na njih se onda mogu primijeniti metode analize vremenskih sljedova (change point detection) te na taj način detekcijom vremenski koreliranih promjena otkriti moguće putove kojima se prenosi alostrički signal.

Keywords

hr original Oligomerni proteini ; purinske nukleozidne fosforilaze

en Oligomeric proteins ; purine nucleoside phosphorylases

Authors
Projects
Citations
Štefanić, Zoran ; Gomaz, Boris
Potraga za alosterijom kod proteina upotrebom napredne vizualizacije // Srce DEI 2023 Knjiga sažetaka. 
2023, 59, 1