Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori

Crosbi ID418743
Bib IRB ID930311
Year2018
StatusObranjeno
Typeocjenski radovi
Subtypediplomski rad (sveučilišni)
AuthorsBošnjaković, Marta
PlaceZagreb
MentorsŠtefanić, Zoran ; Balen, Biljana
Titles

hr original Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori

en The influence of phosphate on confromation change of the active sites of purine nucleoside phosphorylase from Helicobacter pylori bacteria

Abstracts
hr original

Hp-PNP (purinska nukleozidna fosforilaza iz Helicobacter pylori) je ključni enzim pomoćnog metaboličkog puta purina u bakteriji H. pylori. Katalizira fosforolitičko cijepanje glikozidne veze u purinskim nukleotidima. Protein je homoheksamer sa 6 aktivnih mjesta u dvije moguće konformacije: zatvorenoj (neophodnoj za odvijanje katalize) i otvorenoj. Cilj rada je bio provjeriti dolazi li do vezanja fosfata (jednog od dva supstrata Hp-PNP) u aktivna mjesta enzima, namakanjem kristala u otopinama s rastućom koncentracijom fosfata i utjecaj tog vezanja na konformaciju aktivnog mjesta. Opisan je postupak transformacije bakterija Escherichia coli vektorom s ugrađenim deoD genom za Hp-PNP protein, prekomjerna ekspresija, pročišćavanje kromatografskim metodama, mikrokristalizacijski eksperimenti, te određivanje i utočnjavanje strukture proteina metodom rendgenske difrakcije. Određene su dvije strukture dobivene iz različitih koncentracija fosfata. U strukturi s višom koncentracijom fosfata došlo je do vezanja fosfata u 5 od 6 aktivnih mjesta, ali niti u jednom nije došlo do zatvaranja aktivnog mjesta. U strukturi s nižom koncentracijom fosfata nije došlo do njegovog vezanja i također su sva aktivna mjesta ostala otvorena. Ove strukture su prve određene strukture Hp-PNP u kojima vezanje fosfata nije dovelo do promjene konformacije, čime je pokazano da to nije dovoljan uvjet za zatvaranje aktivnog mjesta kod Hp-PNP enzima.

Keywords

hr original humani patogen, pročišćavanje proteina, kristalizacija proteina, rentgentska strukturna analiza, heksamerni protein

en human pathogen, protein puification, protein crystalisation, X-ray diffraction, hexamer protein complex

Authors
Institutions
Projects
Disciplines
Citations
Bošnjaković, Marta
Utjecaj fosfata na promjenu konformacije aktivnih mjesta enzima purinske nukleozidne fosforilaze iz bakterije Helicobacter pylori / Štefanić, Zoran ; Balen, Biljana (mentor). 
Zagreb, Prirodoslovno-matematički fakultet, Zagreb, 2018